リモートメール

サーバーのタイムアウト時間の変更で改善がみられず、プロバイダがWebメールサービスを提供していない場合には、リモートメール機能があるメールソフトでサーバーにアクセスし、メールを削除することが出来ます。

Beckyが有名ですね。メール設定はOutlookExpressと変わりませんが、通常のメール送受信機能にリモートメール機能があります。シェアウェアですが、30日間の無料試用期間があります。
BeckyInternetMail（ベッキーインターネットメール）（シェアウェア）
URL：http://www.rimarts.co.jp/becky-j.htm

リモートでサーバーからメール削除をすると、そのメール自体がなくなってしまうので慎重に操作してください。Becky以外にも「Mail-Delete」など、サーバーにアクセスできるソフトはあるので、利用しやすいものを探してイザというときの為に保存しておくのもいいかもしれませんね。基本的には通常のメール送信設定が必要です。

Mail-Delete　（メールデリート）（フリーウェア）
URL：http://www.asahi-net.or.jp/~gj3t-tki/REALbasicAPL/

その他にコマンドプロンプトからTelnetでメールサーバーにアクセスする方法がありますが、操作方法が複雑なので割愛します。上記のようなソフトを利用したほうがスムーズ、かつ簡単です。